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网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿软件常用见的慢性病一种。肾组织化中CaOx硫化锌过趋于稳定演变成沉积会引致肾小管人体细胞影响和凋亡,可以引致肾结石的演变成。短链肌肉酸由胃肠内活性污泥法结核杆菌发效饮食营养仟维引发,这不仅在局布胃肠障壁中推动用途,而是在软件横向上也推动核心用途。中间,丁酸是最充沛的短链肌肉酸,包括免疫性抑制性和免疫性抑制性用途,本学习研究丁酸对CaOx肾结石的用途举例隐藏靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山诊所泌尿美容外科吴忠硕士生导师、周子健研究生于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠教援、周子健博士生在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱海洋生物与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了网络信息药学学服务质量,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

文章内容名字:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 客服单位名称:华山医院医生 设计对方:大鼠、HK-2神经细胞 分组名信息查询:对比组(Con)、三维模型组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱带来了技术设备:网上药学学查重

理念注意事项图

探讨但是

探索人群第一方面建设大鼠3d对沙盘模型,经过人体生理生化模式标准和组织机构疾病学上色等探索有效途径看到丁酸能否以减少CaOx3d对沙盘模型大鼠肾CaOx晶状体的转变成和挤压伤,缓解CaOx3d对沙盘模型大鼠的感染挤压伤和氧化的物材料的过激体现。除外,丁酸还可调节草酸引诱的HK-2受损内部挤压伤、氧化的物应激反应和受损内部凋亡。 为实验设计丁酸形式类型和靶人类DNA微信互联网,论述者从PubChem查看丁酸和丁酸酯的二维和3d形式类型(图1A)。凭借PharmMapper统计资料库和Uniprot统计资料库处里后共挑选出114个丁酸靶人类DNA供进1步具体数据剖析。将人类DNA下拉列表导入到STRING统计资料库,进入PPI微信互联网具体数据剖析。Cytoscape给定了筛选的前20的交通核心靶人类DNA的图解微信互联网图,例如CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。等交通核心人类DNA与微信互联网中的任何人类DNA均包括表现出特定的一些性,反映等人类DNA或者起着联合用处。GO和KEGG具体数据剖析体现了了丁酸交通核心人类DNA的一些路径和动物体学的功能(图1C)。交通核心人类DNA包括与类固醇的的激素对答、被氧化的应激发生反应生理生理发生反应对答、亲水性氧细胞膜对类固醇的的激素刺激性的生理生理发生反应和对含酸性检查是否东西的生理生理发生反应业内。所写所写,等交通核心人类DNA包括进入了被氧化的应激发生反应生理生理发生反应和对亲水性氧的动物体生理生理发生反应流程,是肾结石建成工作机制中至关注重的路径,这认为丁酸或者在肾结石中起注重用处。

图1| 丁酸结构特征与靶什么是基因wifi网络分析一下(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进这一步思考丁酸对CaOx肾结石其实切靶人类什么是表观遗传遗传遗传组遗传,科学的研究方案解析方案工作人士应用GEOdb2信息库库对GSE73680中更健康比与CaOx肾结石人群的人类什么是表观遗传遗传遗传组遗传差别的实施了科学的研究方案解析方案。比组与CaOx结石人群的特殊性好别的展示人类什么是表观遗传遗传遗传组遗传(DEGs)检查标准为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共筛分到3783个人类什么是表观遗传遗传遗传组遗传情况特殊波动,中仅3379个(89.4%)人类什么是表观遗传遗传遗传组遗传展示上涨,404个(10.6%)人类什么是表观遗传遗传遗传组遗传展示上涨(图2A)。对DEGs实施聚类分析法算法解析,热图显视了前10个被选中DEGs的二维层次结构聚类分析法算法基本特征(图2B)。之后,科学的研究方案解析方案工作人士借助GeneCardsdb2信息库库人工净化处理鉴定结论了370个应该与CaOx肾结石关于的人类什么是表观遗传遗传遗传组遗传,排民前20位的予测人类什么是表观遗传遗传遗传组遗传极其关于性评分标准如图甲如下2C如下。为了能发现丁酸控制CaOx肾结石的关键性靶点,科学的研究方案解析方案工作人士将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石关于人类什么是表观遗传遗传遗传组遗传净化处理获取好几回个Venn图。不可能,CYP2C9被判断为丁酸效用CaOx肾结石的潜在性靶点(图2D)。不仅如此,科学的研究方案解析方案工作人士还实施了丁酸与CYP2C9的原子核嫁接,CYP2C9的三种核苷酸残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸互为效用,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在充分利用网上药剂学学预侧CYP2C9是丁酸导致CaOx肾结石的靶人类基因后,分析人数还确认神经细胞系實驗确认了CYP2C9可大幅度降低草酸诱惑的HK-2神经细胞系的ROS质量、发炎挫裂伤和凋亡。

图2| 越多越据库综合定性分析推测CYP2C9是丁酸做用于CaOx肾结石的靶基因遗传

深入分析报告单

本探究第一方面找到丁酸在体內和体內均能抑止CaOx肾结石对模型的脱色应激状态性和支原体感染拉伤,随着依据网格药理学学学建立实现丁酸决定CaOx肾结石的风险靶点——CYP2C9,后来依据上皮组织细胞实验性查证CYP2C9在草酸盐介导的HK-2上皮组织细胞ROS新技术水平、支原体感染拉伤和凋亡。这类找到是因为丁酸将会依据抑止CYP2C9来抑止CaOx肾结石的脱色应激状态性,减弱支原体感染拉伤。某些时候中拜谱怪物学具备了网格药理学学学新技术水平服务性项目,与此同时拜谱怪物学可延长成长成熟的dna组学、营养物质质组学、排泄组学等两组学软件及新技术水平服务性项目,欢迎语管理咨询管理咨询! 参考选取论文资料:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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