上海拜谱生物科技有限公司-蛋白质组学-代谢组学-单细胞测序-重组蛋白一站式提供多组学联合分析平台

拜谱生物

Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已彰显出广泛应用的生物技术特异性，比如抗肿癌和抗虫毒用途。通畅，三萜是实现甲羟戊酸方法分解成的，并从天然苔藓植物苔藓植物和病菌中去除。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上公布了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的研发本文。该研发看到三萜类有机物野生野生灵芝酸（GA）是能够夜体塑造培养的无柄野生野生灵芝菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的微微生物转换成造成了的。进行转录组和血清酶质组学技艺进十步研究无柄虫草菌丝体中DHT造成了2种虫草酸（GA）的逻辑，并通过多个学技艺查重到的差距基因遗传和差距血清酶，估测DHT 微微生物镶嵌 GA 的行业。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录混合物析和功能表划分

经过对无柄虫草真菌孢子菌丝体开展转录组测序共能够67230个转录本和14296个单dna。在许多单dna中，495个被签定为相互影响体现dna（DEGs），之中213个体现上涨，279个体现降低（图1A）。GO含有定性进行分析后，DEGs分类生物制品方式中（BP）、肿瘤细胞系化学成分（CC）和氧分子职能（MF）3类。在BP品目中，显现了前这几个子品目：消炎药细化产生方式中，冰醋酸盐产生方式中和甲酸盐产生方式中 ;而在CC品目中，肿瘤细胞系外区、突触黏结体、突触结构特征是前这几个亚类。对於MF品目，甲酸脱氢酶（NAD）催化催化催化活性、氧化的备份酶催化催化催化活性和酸氨（或酰胺）连入酶催化催化催化活性是前这几个亚品目（图1B）。在DEGs的KEGG通道定性进行分析中，前30条含有度上限的通道中含27条属产生，之中甲烷气体产生、乙醛酸盐和二羧酸盐产生、丙酸盐产生卫星信号通道偏态含有（图1D）。

图1|转录多组分析和功能表进行分类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

确认对无柄虫草病菌菌丝体明确血清质组学了解，共有明确了16,457种独一无二肽、2606种血清质和2588种化学发光法血清质。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的淘汰條件下，你不在2606种血清质中，94种被监定为地域性别差异把你想呈现出来血清（DEPs），这当中52种上浮，42种再降（图2A），图2C信息界面体现了地域性别差异把你想呈现出来血清的聚类阐述法了解热图。从GO了解一起来看，BP专业类别信息界面体现，基本数DEPs参加冰醋酸盐拆分的流程、抗菌药拆分拆分的流程和用量拆分拆分的流程。CC类DEPs在内部外区、过被氧化的物酶体和微体中增长率是更高的，被氧化的替换酶化学活化和甲酸脱氢酶（NAD）化学活化在MF类中DEPs的此例是更高的（图2B）。与转录组导致同类，KEGG径路了解信息界面体现，好多DEPs在拆分中丰度，这当中3条最丰度的路线是光合动物中的碳放置、碳拆分和MAPK的数据信息径路（图2D）。除此之外，确认了解GO的数据库系统的CC对DEPs明确亚内部进行分析了解和注解（图2E），DEPs主耍分布图在内部质（40.66%）、内部膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），系统论上是GAs动物分解成的主耍职位。

图2|蛋白酶质组的定量数据分析数据分析和功用印证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

营生物转变和差表组获选DEGs和DEPs开发了维恩图，有20个相互影响描述人类表观遗传（图3A）。对转录组和淀粉酶质组中E组和C组共出的DEGs/DEPs通过聚类了解法了解，发现mRNA和淀粉酶质之中有1几个上涨人类表观遗传和几个变动人类表观遗传，DEGs与其说英译的DEPs描述标准呈正有关，对于Pearson的有关指数了解，在转录组和淀粉酶质组之中的检测到相对来说较高的有关性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）查测最终效果展现，E组和C组1个DEGs的表明的水平相互影响强势，表中9个为调涨DEGs，两个为变动DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表明变化趋势与转录混合物析最终效果不符。

图3|血清质组的参考值探讨和功能模块证实

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

返回列表

「上一篇」Mol Cell（IF=16.6）| 保持年轻的秘密？LiP-MS检测揭示细胞衰老相关机制

「下一篇」Nat Metab（IF 20.8）｜代谢组学流行病学为疾病提供病因见解(上）